Haruka và Sora Kasugano được trở về nhà, đến một nơi đầy ắp kỷ niệm. Sau khi mất cha mẹ trong một tai nạn xe hơi thảm khốc, cặp song sinh giải quyết để trở về quê và bắt đầu cuộc sống mới mẻ tại nhà ông nội của họ, sự ám ảnh một lời nhắc nhở liên tục của những khoảnh khắc trong quá khứ của họ. Họ gặp những bạn thời thơ ấu Nao Yorihime và Akira Amatsume, và gương mặt mới Kazuha Migiwa.
Nó là một lời chào đón nồng nhiệt.. hòa bình của họ chỉ là phù du, tuy nhiên, vì cảm xúc bị ức chế, sinh ra từ lời thề cả hai mới phát hiện và bị lãng quên, bắt đầu gây sức ảnh hưởng của họ đối với cuộc sống mới của cặp song sinh. Và trong sâu thẳm, một bí mật đen tối, chỉ được biết đến với họ... Dựa trên cuốn tiểu thuyết hình ảnh của Sphere, Yosuga no Sora không chỉ khám phá sức mạnh của ký ức bị mất và tình yêu đích thực khi các cuộc tình ngang trái trở nên gắn bó với nhau, nhưng cũng làm dấy lên những câu hỏi về đạo đức và xã hội chấp nhận.
